Większość ustawień Thunderbirda można znaleźć w menu "Narzędzia" pod poleceniem "Opcje". Po jego wybraniu pojawi się nowe okno z kilkoma zakładkami pozwalającymi na przeglądanie różnych elementów konfiguracji. Pierwszy panel to "Ogólne". Tutaj warto upewnić się, że włączona jest opcja "Przy uruchamianiu sprawdzaj, czy Thunderbird jest domyślnym programem pocztowym". Z drugiej strony warto odznaczyć "Po uruchomieniu programu wyświetl poniższą stronę startową...". Dzięki temu aplikacja od razu przejdzie do skrzynki odbiorczej, co pozwoli zaoszczędzić nieco czasu. Ostatnia rzecz to konfiguracja powiadomień o nowych mailach.
Druga zakładka - "Wyświetlanie" - składa się z dwóch kategorii. W "Formatowaniu" można ustawić kolor tekstu i tła dla tworzonych wiadomości, włączyć lub wyłączyć graficzne emotikony czy zmienić czcionkę (przycisk "Czcionki"). Osoby lubiące bezszeryfowe fonty (takich najczęściej używa się na stronach WWW) mogą ustawić tu na przykład Arial. Użytkownicy o bardziej tradycyjnym podejściu polubią Times New Roman czy Courier New. Warto upewnić się, że zarówno dla poczty wychodzącej jak i przychodzącej ustawione jest kodowanie ISO-8859-2.
Druga kategoria w ramach panelu "Wyświetlanie" to "Etykiety". Domyślnie jest ich pięć - "Ważne", "Praca", "Osobiste", "Do zrobienia" oraz "Później". Aby aktywować którąś z nich trzeba zaznaczyć daną wiadomość w głównym oknie i wcisnąć klawisz od 1 do 5. W ustawieniach można dodawać etykiety, usuwać je i modyfikować (zmieniać im kolory czy nazwy).
Kolejna zakładka to "Tworzenie". W grupie "Ogólne" wybiera się, czy wiadomości mają być przekazywane bezpośrednio czy w formie załącznika. Warto też wpisać krótki czas autozapisu (np. 5 minut). "Adresowanie" pozwala na włączenie autouzupełniania podczas wpisywania nazwy odbiorcy oraz aktywowanie opcji "Zapisuj adresy z poczty wychodzącej w książce...". Nie warto jednak z tej ostatniej funkcji korzystać. Jeśli pozostanie włączona, skrzynka kontaktów szybko zapełni się osobami, z którymi użytkownik wymienił jedno czy parę zdań. Lepiej tworzyć wpisy ręcznie - po zaznaczeniu maila i wybraniu opcji "Dodaj adres...".
Panel "Prywatność" składa się z czterech podgrup. W "Niechcianej poczcie" warto włączyć usuwanie wiadomości ręcznie oznaczonych jako spam oraz automatyczne oznaczanie takich maili jako przeczytanych. "Fałszywe wiadomości" - tu najlepiej aktywować opcję "Informuj, jeśli wyświetlana wiadomość może być próbą oszustwa". Tak samo trzeba zrobić w "Ochronie antywirusowej". "Hasła" pozwalają na wprowadzenie jednego kodu, który przejmie funkcje haseł do wielu kont jednocześnie obsługiwanych przez Thunderbirda.
Zakładka "Załączniki" decyduje o domyślnej lokalizacji zapisywania plików. Może to być na przykład Pulpit. Przycisk "Wyświetl i edytuj czynności" zarządza akcjami podejmowanymi w stosunku do różnych typów plików (otwórz, otwórz za pomocą wtyczki, zapisz na dysk itp.). Panel "Zaawansowane" daje dostęp do bardziej złożonych opcji. Tu warto włączyć "Pamiętaj ostatnią zaznaczoną wiadomość", a w grupie "Aktualizacja" upewnić się, że program sam będzie sprawdzał czy pojawiła się nowa wersja.
