Jest rok 2033. Wojna nuklearna zgładziła praktycznie cały ludzki gatunek. Szczęśliwcami okazali się ci, którzy podczas wybuchu znajdowali się w podziemiach moskiewskiego metra. Ludzie, którzy przebywali wtedy na powierzchni, albo zginęli, albo przekształcili się w bezwzględne, żądne krwi bestie.
W ciągu ostatnich dwudziestu lat metro przekształciło się w pewnego rodzaju megalopolis z siecią stacji-miast. Większość z nich to tętniące życiem osiedla, zamieszkałe nie tylko przez szczęśliwców, którzy przeżyli katastrofę, ale również ludzi młodych, których życie zaczęło się właśnie tutaj.
Do tej pory większość mutantów można było znaleźć na powierzchni, a tylko nieliczne trudziły się przedzierać przez linię obrony metra. Sytuacja ta była skutecznie kontrolowana aż do momentu, w którym rozpoczyna się nasza przygoda. Coraz większa liczba potworów napierała na bramy metra. Mutanty zaczęły siać terror na wielu stacjach. Było źle i zapowiadało się, że będzie jeszcze gorzej.
Na początku rozgrywki dowiadujemy się, że nasze imię to Artem, a priorytetowym zadaniem jest zapewnienie bezpieczeństwa rodzimej stacji. Aby tego dokonać, musimy wyruszyć w niebezpieczną podróż do największej stacji, zwanej Polis. Zadanie to nie będzie łatwe, ponieważ w dotarciu do celu przeszkodzą nam nie tylko mutanty, ale również ludzie reprezentujący różne ideologie i poglądy, jak choćby komunizm czy nazizm.
Można również pokusić się o stwierdzenie, że w grze będziemy walczyć nie tylko z bezmózgimi potworami, ale także z ludźmi, których zaślepiła chora ideologia i niezdrowe pobudki chęci władzy nad tym małym światem. Mimo że ludzkość stoi na skraju zagłady, to jednak znajdą się tacy, którzy zechcą wykorzystać każdą sytuację, aby się wzbogacić, często kosztem innych. Właśnie z takimi przeciwnikami przyjdzie nam stawić czoła w Metro 2033.
