Ważnym elementem funkcjonowania serwerów NAS jest bezkonfliktowa praca w środowiskach heterogenicznych. Dotyczy to już nie tylko sieci firmowych. Coraz częściej w domach posiadamy urządzenia, które pracują nie tylko pod kontrolą systemu Windows, ale także Linux, Mac OS czy platform mobilnych. W każdym z tych przypadków urządzenia powinny mieć możliwość korzystania z zasobów serwera NAS. W Synology znajdziemy niemal komplet protokołów sieciowych, które pozwalają na komunikację z różnymi systemami. Głównym protokołem komunikacji jest oczywiście CIFS/SMB, jktóruy ustawiamy w aplecie: Win/MAC/NFS. Tu również możemy aktywować obsługę plików przy użyciu protokołu AFP oraz NFS. Uprawnienia dla obsługi protokołu AFP są nadawane tak samo jak dla protokołu CIFS/SMB.
Oprócz obsługi CIFS/SMB czy AFP serwer Synology posiada także wbudowaną rolę serwera FTP z szyfrowaniem oraz opartą o SSH wymianą plików poprzez SFTP. Dodatkowym udogodnieniem szczególnie dla administratorów dużych sieci LAN jest wbudowana funkcja serwera TFTP oraz PXE. TFTP to protokół transferu plików służący głównie do transferu plików konfiguracyjnych i rozruchowych, gdy uwierzytelnianie nie jest wymagane. Włączenie usługi TFTP umożliwia serwerowi DiskStation przesyłanie do urządzeń klienckich plików modułów rozruchowych. Z kolei środowisko PXE (Pre-Boot Execution Environment) umożliwia urządzeniom klienckim rozruch przy użyciu interfejsu sieciowego zamiast np. dysku twardego. W ramach wdrożenia PXE moduł ładujący rozruchu może być przechowywany na serwerze DiskStation, a hosty (klienci) mogą być uruchamiane za pośrednictwem sieci.
Serwer Synology można również wykorzystać do obsługi WebDAV. To rozszerzenie protokołu HTTP, które umożliwia edycję plików przechowywanych na serwerach zdalnych i zarządzanie nim. Jego uzupełnieniem jest funkcja serwera CalDAV pozwalająca na tworzenie i subskrybowanie wspólnych kalendarzy.
Funkcje usług WebDAV i CalDAV zostały także wzbogacone o pełnoprawny serwer WWW, PHP oraz MySQL.
Dzięki takiemu rozwiązaniu DS1513+ może pełnić rolę serwera stron internetowych czy też intranetowych oraz aplikacji webowych. Dodatkowo urządzenie pozwala na tworzenie indywidalnch stron WWW każdego z użytkowników serwera NAS zarówno lokalnego jak i domenowego. Strony WWW zostały oparte o usługę wirtualnych hostów pozwalając na jednym adresie IP serwera udostępniać wiele witryn.
