Czynnikiem, który ma spory wpływ na to jak rozwija się opowieść w grze są frakcje. Każdy sektor Zony kontrolowany jest właściwie przez inna organizacje i chcąc nie chcąc, musimy z nimi współpracować jeśli chcemy osiągnąć wyznaczony sobie cel. Ponadto jeśli odpowiednio przysłużymy się interesom którejś z frakcji, będziemy mogli wstąpić w jej szeregi. Co otwiera drogę do nowego sprzętu, przyjaźniejszych handlarzy, lepszych inżynierów i po prostu lepiej uzbrojonych kumpli z oddziału. Trzeba jednak pamiętać, że taka decyzja może pociągnąć za sobą niechciane konsekwencje. Ktoś w przyszłości może otworzyć do nas ogień tylko dlatego, że przyznajemy się do znajomości z nieodpowiednimi ludźmi. Mimo wszystko, ta nowa możliwość bardzo pozytywnie wpływa na styl gry. Będąc członkiem frakcji czujemy się przynależni do małej rodziny i pomimo tego, że pustkowia Zony przemierzamy w większości przypadków sami, co jakiś czas natykać się będziemy na znajome twarze.
Jeśli już zdecydujemy się zaciągnąć do małej armii to jest w czym wybierać, bo każda organizacją ma trochę inna politykę i inną wizję na to, jak zarządzać Zoną. Twórcy wyodrębnili dla nas sześć różnych obozów, w większości znanych z poprzedniej gry: wspomiane wcześniej Czyste Niebo, anarchistyczną lecz związana silnym kodem honorowym Wolność, paramilitarna Powinność, przekonaną że świat należy chronić przez okropnościami Zony, neutralnych Stalkerów skupionych głównie na swojej własnej skórze, oraz wrogo nastawionych do świata Bandytów i Renegatów. W miarę jak przemieszczamy się po Zonie, grupy te cały czas rywalizować będą o zasoby i wpływy, uczestnicząc w niekończącej się wojnie frakcji. Jeśli tylko mamy taką ochotę, możemy wspomóc wybraną frakcję naszą siłą ognia, zmieniając tym samym układ sił. Sprowadza się to przede wszystkim do wypadów na kontrolowane przez wroga bazy, zajmowania strategicznie istotnych terenów i osłaniania kolegów z oddziału przed pewną śmiercią.
Jest to jednak zadanie nieprawdopodobnie frustrujące. Bo choć pomysł systematycznego przejmowania panowania nad Zoną jest fajny i ciekawy, to jego wykonanie pozostawia wiele do życzenia. Sztuczna Inteligencja przeciwników, jak i naszych kompanów stoi czasami na dramatycznym wręcz poziomie. Wrogowie czasem rzeczywiście zachowują się logicznie, kryją się za barierami, rozdzielają na mniejsze grupki czy próbują nas obejść ze wszystkich stron. Ale w większości przypadków, zwłaszcza jeśli w grę wchodzą niższe poziomy trudności, po prostu stoją jak nieruchome kukły, albo szarżują wściekle na wroga nie zważając obrażenia. Łatwo przez to przewidzieć ich działania i nie stanowią większego wyzwania. Z drugiej jednak strony, wrogowie cudownie widzą w ciemności, słyszą i strzelają do nas nawet przez ściany, a jeśli już sięgają po broń ich strzały są prawie zawsze celnie, niezależnie od odległości, co niesłychanie irytuje. Gra ma przez to dość niewyważony poziom trudności. Czasem głupota przeciwnika sprawia, że wystarczy się schować za jakąś osłoną i opróżniać kolejne magazynki, innym razem wyjście na otwartą przestrzeń oznacza dla nas pewną śmierć, bo wróg ma prawie nieograniczony zasięg ognia.
Nie lepiej prezentują się nasi koledzy z frakcji. Oni z kolei mają nieprawdopodobny talent do wpadania w kłopoty i niesamowite skłonności samobójcze. Jeśli wybieramy się na jakąś akcje z grupą uzbrojonych towarzyszy, możemy być pewni że większość z nich będzie już martwa jak tylko padną pierwsze strzały. Nie wiadomo dlaczego, ale nawet jeśli kompan ma na sobie ciężko opancerzoną kurtkę, po trafieniu kilkoma zaledwie pociskami padanie martwy. Szkoda, że podobna zasada nie dotyczy naszych przeciwników. Którzy często po przyjęciu kilku salw z karabinu maszynowego wciąż stawiają opór, choć pozornie ubrani są tylko w lekki płaszcz.
Poprzedni S.T.A.L.K.E.R. znany był zresztą ze swojego niewyważonego poziomu trudności i sytuacja nie szczególnie uległa zmianie w dodatku. Gra w późniejszych etapach robi się po prostu bardzo trudna i co gorsza, poziom trudności skacze w gwałtowny sposób, nie wiadomo z jakiego powodu. Walka z ludźmi ma swoje wady, ale jest do przełknięta. Kiedy nasze drogi zaczynają krzyżować się z zombie, mutantami, zjawami i innymi wrednymi istotami Zony coraz częściej nasza najlepsza broń zaczyna zawodzić, kupiona za horendalne pieniądze zbroja rozpada się na naszych oczach, a gracz coraz częściej decyduje się na ucieczkę niż konfrontacje. Blisko końca przeżycie w Zonie to nie tylko kwestia umiejętności, ale też żelaznych nerwów i cierpliwości, a szkoda bo znacznie umniejsza to przyjemność grania.
